NKVD minima kaip sovietinė saugumo ir represinė struktūra, susijusi su 1940-1941 m. areštais, bėgimo į Vokietiją kontrolės planais, sovietizavimu teroru ir pokario kova prieš Lietuvos partizanus. 1945-1946 m. Lietuvoje dislokuota NKVD kariuomenė, o NKVD ir NKGB skyriai koordinavo baudžiamąsias operacijas, gaudynes, tardymus ir agentų verbavimą.
Tai pražūtingai atsiliepė žydams – daugybė jų, besitraukiančių į Rytus, grąžinti atgal lietuvių sukilėlių arba sugrįžo patys, nes kelyje į Maskvą juos aplenkė vermachtas, o iš kitos pusės, sovietų kariai ir NKVD prie vidinės sienos stabdė žmonių traukimąsi į Rusiją, laikydami juos dezertyrais, panikos skleidėjais, vos tik pamatę dokumentus lietuvių kalba įtarinėjo šnipinėjimu. Nuo pirmų nacių okupacijos dienų žydai pajuto dalies gyventojų neapykantą.
Sovietizavimą teroru grindė slaptoji tarnyba NKVD: pylėsi naktiniai areštai, žmones imta kalinti ir tremti į SSRS gilumą. Net didžiausi SSRS simpatikai prikando liežuvius – bolševizmą galima pažinti tik jame pagyvenus. Represijos ir 1941 metų Birželio sukilimas Represijos, areštai, deportacijos, jų baimė – sudedamoji bolševikų vykdytos politikos dalis.
Kovai su partizanais Lietuvoje dislokuota gausi NKVD kariuomenė: 1945 m. vasarą joje buvo iki 20 tūkst., 1946 m. – apie 14 tūkst. karių. NKVD ir NKGB skyriai, įsikūrę visose apskrityse, koordinavo baudžiamąsias operacijas, vadovavo joms ir žmonių gaudynėms, tardė suimtuosius, verbavo agentus. Kovai su lietuvių partizanais okupacinė valdžia prie NKVD įkūrė „naikintojų batalionus“, lietuvių vadintus stribais (santrumpa nuo rus. pavadinimo istrebitelnyje bataliony), į kuriuos agitavo stoti vietinius gyventojus.
Išdavikas pranešė tikslią partizanų dislokacijos vietą. Liepos 22 d. apie 1500 NKVD karių ir stribų apsupo partizanų stovyklą. Partizanai nuo 10 iki 13 valandos drąsiai atmušinėjo priešo atakas.