Kryžiuočių viršininkas dabar jau labiau Vytautui pasitikėdamas, Ordino kapitulai sutikus, pavedė jam valdyti prie Nemuno, žemiau Dubysos įtakos, Naują Marienburgo pilį. Naujasis Marienburgas pasidarė Vytauto giminių bei šalininkų centras. Čia atvyko ir Vytauto jauniausias brolis Zigmantas, čia persikraustė ir Alšėnų kunigaikštis ir kiti.
Kryžiuočių viršininkas dabar jau labiau Vytautui pasitikėdamas, Ordino kapitulai sutikus, pavedė jam valdyti prie Nemuno, žemiau Dubysos įtakos, Naują Marienburgo pilį. Naujasis Marienburgas pasidarė Vytauto giminių bei šalininkų centras.
XVII amžiuje kapitula ruošėsi atnaujinti paminklą, bet 1655 m. Vilnių užėmė rusai. Tuomet iš katedros buvo išvežtos visos brangenybės ir paslėptos nuo rusų.