Tačiau Vokietijos vyriausybė uždraudė lietuviams kilus karui sudaryti bet kokią Lietuvos vyriausybę ir skelbti bet kokį atsišaukimą į tautą, „negavus tam kompetentingų Vokietijos įstaigų sutikimo“. Nacių Vokietijos planuose Baltijos šalys laikytos vokiečių „gynybine erdve“, kuri palaipsniui turėjo susilieti su Trečiuoju Reichu. Vokietija Lietuvą laikė sudedamąja SSRS dalimi ir iš pradžių ją administravo karinė valdžia, o 1941 m. liepos pabaigoje įvestas civilinis okupacinis valdymas.
Kiekvienai jų vadovavo generalinis komisaras, kurie su svarbiausiomis civilinės valdžios įstaigomis rūpinosi policine priežiūra, racionaliu darbo jėgos naudojimu aprūpinant Vokietijos kariuomenę ir vokiečių karo ūkį. Vokiečių valdžia Lietuvoje pajungė jos išteklius ir ūkį Vokietijos reikmėms, nepaisydama vietos gyventojų poreikių. Lietuvos ūkininkai turėjo mokėti dideles prievoles (už jų nevykdymą buvo skiriamos didelės nuobaudos), į Lietuvą siunčiami vokiečių kolonistai (apie 30 tūkst.
Tačiau Vokietijos vyriausybė uždraudė lietuviams kilus karui sudaryti bet kokią Lietuvos vyriausybę ir skelbti bet kokį atsišaukimą į tautą, „negavus tam kompetentingų Vokietijos įstaigų sutikimo“.