Jono bažnyčią atidavė kun. Valerijono Protasevičiaus, Vilniaus vyskupo, Akademijos kolegijos funda toriaus instancijai su visu turtu ir arkipresbiterio namais pri- 172 ## Puslapis 189 Il KNYGA jungė prie Societatis JESU [Jėzaus Draugijos] kolegijos. Jono bažnyčios Apaštališkojo Sosto valia inkorporavimas į Aka demijos kolegiją yra patvirtintas kardinolo Pranciškaus Ko mendom, Šv. Jono bažnyčios užtikrinta priklausomybė pripažinta vienuoliams jėzuitams.
Mirdamas Knišine, jis paskutines mintis dar kreipė į savąją Lietuvos sostinę: užbaigti pradėtą statyti Šv. Onos bažnyčią, išplėsti Švč. Trejybės prieglaudą ir ją geriau aprūpinti pavedė kelissyk testamente minimoms seserims ir respublikai, o turtingą savo biblioteką, tėvo pradėtą, jo paties irgi kauptą, atidavė Vilniaus jėzuitų kolegijai.
Jono bažnyčios užtikrinta priklausomybė pripažinta vienuoliams jėzuitams. 1581 metų birželio 9 dieną. Kad bažnyčia būtų geriau tvarkoma ir būtų parinktas tinkamas asmuo užimti nuolatinio vikaro pareigas, Vilniaus kapitula, Jus Patronatus teisės siūlyti į vikarus atsisako ir perleidžia Akademijos kolegijos Rektoriams tėvams jėzuitams, kas taip pat 1651 metų spalio 2 dieną patvirtinta.
Tai jų sąžinei griežtai pavedame. Klierikų mokymo reikalus ir vadovavimą kolegijai patikime didžiai gerbiamam tėvui Rektoriui ir visai Vilniaus Jėzaus draugijos kolegijai, ir, mielai leidus didžiai* gerbiamam tėvui generaliniam Prepozitui (kuriam dėl šio reikalo nusiuntėme laišką ir neabejojame, kad mums bus palankus), tuos pačius karštai raginame, kad imtų rūpintis šia mūsų seminarija. Be to, jiems suteikiame visišką valdžią, tiek ekonominę, tiek visą administracinę, ir juos darome ir skelbiame amžinais mūsų seminarijos valdytojais, administratoriais ir rektoriais, jų rūpesčiui, veiklumui ir meilei patikime visą seminariją ir kiekvieną joje esantį klieriką.
O tų knygų, kurias atiduodame jėzuitams, derlius yra nemažas ir neprastas. Įpareigojame tėvus jėzuitus, kad būtų už jas atsakingi ir kiekvieną sekmadienį bei per kiekvienas šventes į Šv. Onos bažnyčią iš savo kolegijos atsiųstų vieną gerą ir garbingą pamokslininką skelbti ir mokyti mylimo Dievo mokslo ir valios pagal visuotinės Bažnyčios įstatymus.
285 ## Puslapis 302 VILNIAUS MIESTO ISTORIJA// TOMAS Jono bažnyčios arkipresbiteris, jis drauge su miesto magistratu priešinosi jėzuitų užmačioms įgyti šį pastatą ir prijungti prie kolegijos50. Kapitula irgi be entuziazmo žvelgė į mokyklinį jaunimą, besiveržiantį į naujai atidarytą jėzuitų gimnaziją, ir norėdama išsaugoti apleistą Katedros mokyklą bei sumažėjusias pajamas, uždraudė kolegijoje dėstyti pradinius mokslus51. Tai buvo nemalonios kliūtys, kurias jėzuitams teko įveikti ir nušluoti jas nuo kelio, vedančio į užsibrėžtą tikslą.
1571 metų gruodžio 22 dieną. Toks parapijinės Šv. Jono bažnyčios Apaštališkojo Sosto valia inkorporavimas į Akademijos kolegiją yra patvirtintas kardinolo Pranciškaus Komendom, Šv. Cyriako Termuose skirto.
290 ## Puslapis 307 IV KNYGA žvangant ginklams, nesiliaujant kariniams pasitarimams, viešą pagarbą atiduoda mokslui. Vyskupo Protasevičiaus funduotą ir tinkamai aprūpintą jėzuitų kolegiją karalius pakelia iki universiteto laipsnio, tą rodo ir, nepaisant kai kurių senatorių priešinimosi, balandžio 1-ą dieną iškilmingai išleisti dekretai57. Neapsiribodamas pavyzdžio verta savo labdaringa veikla, Protasevičius, be šių fundacijų, dar įsteigė neturtingiems studentams bursą, pavadintą Valerijono vardu, jai mieste dovanojo tris mūrinius namus, pavedė juos jėzuitų priežiūrai ir globai58.