Jono bažnyčią atidavė kun. Valerijono Protasevičiaus, Vilniaus vyskupo, Akademijos kolegijos funda toriaus instancijai su visu turtu ir arkipresbiterio namais pri- 172 ## Puslapis 189 Il KNYGA jungė prie Societatis JESU [Jėzaus Draugijos] kolegijos. Jono bažnyčios Apaštališkojo Sosto valia inkorporavimas į Aka demijos kolegiją yra patvirtintas kardinolo Pranciškaus Ko mendom, Šv. Jono bažnyčios užtikrinta priklausomybė pripažinta vienuoliams jėzuitams.
Mir damas Knišine, jis paskutines mintis dar kreipė į savąją Lie tuvos sostinę: užbaigti pradėtą statyti Šv. Onos bažnyčią, išplėsti Švč. Trejybės prieglaudą ir ją geriau aprūpinti pave dė kelissyk testamente minimoms seserims ir respublikai, o turtingą savo biblioteką, tėvo pradėtą, jo paties irgi kauptą, atidavė Vilniaus jėzuitų kolegijai.
Jono bažnyčios užtikrinta priklausomybė pripažinta vienuoliams jėzuitams. 1581 metų birželio 9 dieną. Kad bažnyčia būtų geriau tvarkoma ir būtų parinktas tinkamas asmuo užimti nuolati nio vikaro pareigas, Vilniaus kapitula, Jus Patronatus teisės siūlyti į vikarus atsisako ir perleidžia Akademijos kolegijos Rektoriams tėvams jėzuitams, kas taip pat 1651 metų spalio 2 dieną patvirtinta.
Tai jų sąžinei griežtai pavedame. Klierikų mokymo reikalus ir vadovavimą kole gijai patikime didžiai gerbiamam tėvui Rektoriui ir visai Vil niaus Jėzaus draugijos kolegijai, ir, mielai leidus didžiai* ger biamam tėvui generaliniam Prepozitui (kuriam dėl šio reikalo nusiuntėme laišką ir neabejojame, kad mums bus pa lankus), tuos pačius karštai raginame, kad imtų rūpintis šia mūsų seminarija. Be to, jiems suteikiame visišką valdžią, tiek ekonominę, tiek visą administracinę, ir juos darome ir skel biame amžinais mūsų seminarijos valdytojais, administra toriais ir rektoriais, jų rūpesčiui, veiklumui ir meilei patiki me visą seminariją ir kiekvieną joje esantį klieriką.
O tų knygų, kurias atiduodame jėzuitams, der lius yra nemažas ir neprastas. Įpareigojame tėvus jėzuitus, kad būtų už jas atsakingi ir kiekvieną sekmadienį bei per kiekvienas šventes į Šv. Onos bažnyčią iš savo kolegijos at siųstų vieną gerą ir garbingą pamokslininką skelbti ir mo kyti mylimo Dievo mokslo ir valios pagal visuotinės Bažny čios įstatymus.
285 ## Puslapis 302 VILNIAUS MIESTO ISTORIJA// TOMAS Jono bažnyčios arkipresbiteris, jis drauge su miesto magist ratu priešinosi jėzuitų užmačioms įgyti šį pastatą ir prijung ti prie kolegijos50. Kapitula irgi be entuziazmo žvelgė į mo kyklinį jaunimą, besiveržiantį į naujai atidarytą jėzuitų gimnaziją, ir norėdama išsaugoti apleistą Katedros mokyk lą bei sumažėjusias pajamas, uždraudė kolegijoje dėstyti pra dinius mokslus51. Tai buvo nemalonios kliūtys, kurias jėzui tams teko įveikti ir nušluoti jas nuo kelio, vedančio į užsibrėžtą tikslą.
1571 metų gruodžio 22 dieną. Toks parapijinės Šv. Jono bažnyčios Apaštališkojo Sosto valia inkorporavimas į Aka demijos kolegiją yra patvirtintas kardinolo Pranciškaus Ko mendom, Šv. Cyriako Termuose skirto.