Dėl Reformacijos įtakos ir lėšų stokos Bernardinų bažnyčios statyba užsitęsė iki XVI amžiaus pabaigos.
Įrodymai (1)
Šaltinis: Mikalojus Vorobjovas, Vilniaus menas (knyga, 1940 m.)
Reformacijos įtaka netrukus atšaldė statytojų uolumą; pritrūkus lėšų, Bernardinų bažnyčios statyba užsitęsė iki pat XVI amžiaus galo. Gausingi atnaujinimai ir perstatinėjimai (po gaisrų) šiek tiek pakenkė išviršinės architektūros vienybei. Taip, antai, po 1655 metų rusų antplūdžio, kada toji bažnyčia buvo gerokai apdaužyta, ją padėjo atstatyti Mykolas Pacas, Vilniaus vaivada ir Didžiosios Kunigaikštystės etmonas.