Prasidėjo neramumai Lenkijoje, 1863 m. sukilimas. Po sukilimo vykusios represijos sustabdė istoriko planų įgyvendinimą, nors jis matė naujai paskirto Vilniaus generalgubernatoriaus Michai lo Muravjovo - Koriko represijas krašte. 1864 m. sausio 1 d. M. Balinskis mirė Vilniuje, palaidotas Jašiūnų dvare.