Šis laikotarpis bene didžiausio universiteto klestėjimo metai – studentų skaičius nuo 200 padidėjo iki 1 300. Universitete dirbo garsūs mokslininkai: istorikas Joachimas Lelevelis (Joachim Lelewel, 1786–1861), filosofas Jonas Sniadeckis (Jan Śniadecki, 1756–1830), chemikas ir biologas Andrius Sniadeckis (Andrzej Śniadecki), biologai Liudvigas Heinrichas Bojanus (Ludwig Heinrich Bojanus) ir Eduardas Karolis Eichvaldas (Edward Karol Eichwald), iš Austrijos atvykę Johanas Pėteris Frankas (Johann Peter Frank) ir jo sūnus Jozefas Frankas (Joseph Frank) – jų darbai buvo žinomi tarptautiniu mastu. Su universitetu susijusi ir tuometinė itin gausi periodika.
Susidomėjimas lietuvių mitologija plito tarp Vilniaus universiteto studentų ir profesorių, nors jo rektorius Jonas Sniadeckis ir piktinosi jaunųjų lenkų romantikų susižavėjimu senaisiais tikėjimais