Bene garsiausias istoriko darbas - tai Vilniaus akademijos istorija ir kartu su Tadu Lipinskiu parengti Senovės Lenkijos trys tomai, kurių vienas skirtas LDK istoriniam topografiniam ap rašymui. Balinskio darbas - 1862 m. išleista Vilniaus akademijos istorija.
Didesnį dėmesį vėlesnėje istoriografijoje pelnė kitas M. Balinskio darbas - 1862 m. išleista Vilniaus akademijos istorija. Aprašydamas šios Lietuvos aukštosios mokyklos raidą 1579-1803 m., daugelį jos istorijos įvykių jis vertina kaip švietėjas.
M. Balinskis paliko nemažai istorinių darbų ir apybraižų, dalis jų - rankraščiuose. Bene garsiausias istoriko darbas - tai Vilniaus akademijos istorija ir kartu su Tadu Lipinskiu parengti Senovės Lenkijos trys tomai, kurių vienas skirtas LDK istoriniam topografiniam aprašymui.