Nuo įkūrimo laikų ta bažnyčia buvo pavesta klebonams su suteiktais arkipresbiterių titulais, kuriems į pagalbą buvo duota keletas kunigų. Bažnyčios pajamos priklausė: dalis arkipresbiteriui, dalis Vilniaus gyventojams, Šv. Jono brolijai priklausantiems, kurie buvo įpareigoti rūpintis bažnyčios reikmėmis, pastatais ir papuošimu, ad tenorem [pagal] sutartį, 1521 metų balandžio 9 dieną sudarytą Vilniaus miesto su tos bažnyčios arkipresbiterių Leonardu Rodijanu, o šviesiausiojo karaliaus Žygimanto Augusto patvirtintą.