Vysk. M. Valančiaus laikais Žemaičių vyskupijos teritorija priklausė Rusijos imperijai, Kauno gubernijai (išskyrus Kuršo ir Žiemgalių dekanatus, kurie priklausė Kuršo gubernijai). Kauno gubernatorius buvo pavaldus Vilniaus generalgubernatoriui, o Kuršo gubernatorius — Rygos generalgubernatoriui.