Tačiau Vatikanas 1925 metais sudarė konkordatą su Lenkija, visai neatsižvelgdamas į Lietuvos teises nepabaigtame ginče su Lenkija. Pirmieji atgimstančios Lietuvos santykiai su Vatikanu buvo užmegzti dar Tarybos, Vilniuje, kai buvo susirūpinta Vilniaus vyskupo paskyrimu.
Todėl, užmezgus oficialinius santykius su Vatikanu, pirmas vyriausybės rūpestis buvo sudaryti atskirą Lietuvos bažnytinę provinciją, iš kurios nebūtų išskirtas okupuotasis Vilniaus kraštas. Tačiau Vatikanas 1925 metais sudarė konkordatą su Lenkija, visai neatsižvelgdamas į Lietuvos teises nepabaigtame ginče su Lenkija. Vyriausybė protestavo prieš tokį Vatikano elgesį, kurio negalima buvo laikyti bešališku, ir dėl to santykiai su Vatikanu nutrūko.