Protestantų mokyklos buvo įkurtos Vilniuje, Brastoje, Nesvyžiuje, Semetyčiuose, Šiluvoje, Biržuose, Kėdainiuose, Slucke, o pradžios mokyklų buvo beveik kiekvienoj jų parapijoj.
1958 m. „atšilimas“ baigėsi, pradėta kovoti su religija mokymo ir mokslo įstaigose, įmonėse steigti ateistų būreliai, drausta skambinti varpais, varžomi krikštijimai, katekizavimas, ribotas atlaidų lankymas Žemaičių Kalvarijoje ir Šiluvoje (miestelis netoli Raseinių, kurį valdžia blokuodavo atlaidų metu, paskelbdama neva „kiaulių marą“), tikintieji pajuokiami, įžeidinėjami, uždrausta statyti kryžius, šiurkščiais metodais sustabdyta naujos bažnyčios statyba Klaipėdoje. Priklausomybės dešimtmečiais ypač atsiskleidė kryžiaus, kaip stiprybės ir vilties šaltinio, prasmė.