Ichtiologiniai tyrimai Kupiškio mariose atlikti dviejose stotyse – ties Pajuodupe ir Jutkonimis, žemutinėje ir aukštutinėje tvenkinio dalyse. Kupiškio marių žuvingumas viršija 130 kg/ha, o Egidijus Bukelskis jas apibūdina kaip vieną produktyviausių Lietuvos vandens telkinių.