Vokiečių okupacijos metais buvo geležinkelių apsaugos policininkas Kaišiadoryse. 1944 m. įstojo į Vietinę rinktinę. Sovietams pakartotinai okupavus Lietuvą, 1944 m. organizavo partizanų būrį. Su savo maždaug 200 partizanų daliniu J. Misiūnas nuolat keliavo po Ukmergės ir Trakų apskritis ir nevengdamas susidūrimų kovėsi su sovietais.
Santarvei ypač rūpėjo, kad tarp valstybių, kariaujančių su bolševikais, nebūtų vaidų. Tačiau lenkai ne tik kad nesustabdė kovos, bet dar ėmė veržtis į Lietuvą Kaišiadorių ir Alytaus kryptimis. Lietuvos delegacija tada vėl kreipėsi į konferenciją, kad ji nustatytų laikinę demarkacijos liniją.